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Eduardo de la Vega, un viejo marino retirado, relata a dos jóvenes periodistas los inverosímiles acontecimientos que le ocurrieron, hace unos años, cuando lo contrataron para llevar un velero desde Río de Janeiro hasta Palamós. En esos recuerdos se entremezcla la historia de una bella dama, femme fatale, acostumbrada a romper corazones pero no a que le rompan el suyo, y que, por casualidades del destino, acaba ocupando un papel imprevisto en dicho relato. Entre dos aguas nos narra las peripecias de un marino español envuelto, sin esperarlo, en una compleja trama policial de asesinatos y narcotraficantes en Brasil, y los escarceos románticos de unos personajes que se ven, constantemente, atrapados entre dos aguas.